MTs Negeri 2 Lampung Timur berdiri pada tahu 1968 dengan nama Pendidikan Guru Agama (PGA) 4 tahun, yang pada saat itu di ketuai oleh bapak DATUK yang menjabat sebagai kepala sekolah. Pada tahun 1970 kepala sekolah bapak Datuk digantikan oleh bapak SUCIPTO. Akhir masa jabatan bapak SUCIPTO sampai pada tahun 1972. Pada tahun 1972 – 1974 kepala sekolah digantikan oleh bapak MUKARI. Pada tahun 1975 Pendidikan Guru Agama (PGA) diubah menjadi MTs Agama Islam yang pada saat itu di kepalai oleh bapak SUDADIN BA. Beliau menjabat sampai pada tahun 1978. Pada tahun 1979 – 1984 MTs AI berubah menjadi MTs poncowati, yang maksudnya persiapan, itu kedepan menjadi persiapan negeri. Yang pada waktu itu yang menjabat menjadi kepala sekolah adalah bapak SLAMET EFENDI BA.
Kemudian pada Tahun 1988 MTs Poncowati diubah menjadi MTs N Filial Poncowati di Raman Utara oleh bapak BISRI BA yang pada saat itu menjabat sebagai Kepala sekolah. Pada Tahun 1991 MTs N Poncowati Filial diusulkan menjadi (MTs N Penuh). Usulan tersebut baru terealisasi pada Tahun 1993 dengan dasar Surat Keputusan Menteri Agama No:244/1993 tanggal 25 Oktober 1993.
Jadi pada Tahun 1994 resmi MTs yang tadinya Swasta atau Filial Poncowati menjadi MTs N Raman Utara dengan Kepala Sekolah bapak BISRI BA. Beliau menjabat sebagai kepala sekolah selama 8 (delapan) tahun, selama 4 tahun MTs Filial dan 4 tahun MTs N Raman Utara. Tepatnya pada tahun 1996 BISRI BA Diganti oleh Kepala Sekolah baru yaitu bapak Drs. YAHYA SULAIMAN. Beliau menjabat selama kurang lebih 5 tahun karena terjadi perpindahan Kepala bapak Drs. Yahya Sulaiman di pindah ke MTs Batanghari Metro.dan MTs Raman Utara dikepalai oleh bapak Drs. JUMARI, beliau menjabat Kepala MTs selama 3 tahun, sampai pada tahun 2005. Terjadi pergantian Kepala Madrasah Drs. JUMARI diganti oleh ibu LENNY DARMISAH, S.Pd .,MM kurang lebih selama 10 tahun dan beliau sekarang menjabat menjadi Kepala Sekolah MTs N 1 Lampung Timur.
Nama MTs N Raman Utara diganti menjadi Mts 2 Lampung Timur dikarenakan membawa nama Kabupaten sehingga MTs N raman Utara berganti nama menjadi MTs N 2 Lampung Timur pada bulan Januari tahun 2015. pada bulan Maret 2015 MTs N 2 Lampung Timur dikepalai oleh Bapak RUBANGI, S.Pd dari tahun ke tahun MTs N 2 Lampung Timur mengalami kemajuan baik bangunan fisik maupun non fisik. Isi berupa bangunan gedung, pertumbuhan guru dan siswa. Pada bulan februari 2016 bapak RUBANGI, S.Pd beralih tugas menjadi guru di MTs N 1 Lampung Timur. Sejak itu Kepala MTs N 2 Lampung Timur dijabat oleh Kepala yang baru yaitu bapak TOIPI, S.Ag,. M.Pd.I sampai saat ini.